Skull & Bones soll sich seit mittlerweile über acht Jahren bei Ubisoft Singapore und anderen Studios in Entwicklung befinden. Laut einer groß angelegten Reportage zum Spiel will Kotaku von mehreren ehemaligen und aktuellen Entwicklern erfahren haben, wie es um das Spiel bestellt sei, in dem es um Seeschlachten gehen wird.
Demnach wurde der Titel schon mehrfach einem Reboot in der Entwicklung unterzogen und hat bereits über 120 Millionen Dollar an Entwicklungskosten verschlungen. Eine ehemliger Entwickler teilte der Seite mit, dass das Spiel bei einem Mitbewerber schon lange eingestellt, bzw. niemals auch nur das Go für die Entwicklung bekommen hätte.
Ursprünglich sollte Skull & Bones eine Multiplayer Erweiterung zu Assassin's Creed: Black Flag werden. Doch bereits in der Post-Production und wegen zu alter Technologie wären die Ideen des Spiels ständig geändert worden. Noch heute wissen die Entwickler nicht genau, wo die Reise hingehen soll. Eine klare Vision würde fehlen, das Management wäre toxisch und würde sich lieber um Macht streiten, als das Spiel zu forcieren etc.
Aufgrund einer Vereinbarung mit der Regierung Singapurs, müsse Ubisoft den Titel fertig stellen. Hier geht es wohl um Fördermittel und sonstige Kostenübernahmen. Zudem sei auch die Strategie hin zu mehr Live Service ein Faktor, weswegen man an Skull & Bones weiter festhalten würde. Gegenüber Kotaku teilte Ubisoft mit, dass der Titel mittlerweile einige Änderungen vollzogen habe, man aber stolz auf den Fortschritt sei, den man zuletzt erzielt habe. Mittlerweile hat man den Alpha Status erreicht.