Zuerst scheint es, als wären die Kinder unschuldig, ähnlich den ultimativen Schülern, um die sich die Hope’s Peak Academy bemüht, um Hoffnung in der Gesellschaft wecken. Die Warriors of Hope identifizieren sich selbst mit verschiedenen Klassen, jedes von ihnen hat sich in einem anderem Fach spezialisiert.
Den Anfang macht Masaru Daimon, spezialisiert in Sport und Held der Warriors of Hope, der behauptet, ihr Anführer zu sein. Als nächstes haben wir Nagisa Shingetsu, spezialisiert in Sozialkunde und schlauster Kopf der Warriors of Hope. Dann gibt es noch Jataro Kemuri, spezialisiert in Kunst und Priester sowie Kotoko Utsugi, die Kämpferin der Warriors of Hope und spezialisiert in Schauspiel. Und last but not least, die wahre Anführerin der Warriors of Hope und Klassenlehrerin, Monaca, die als Magierin dieser vielfältigen Gruppe auftritt.
Die Warriors of Hope führen eine Revolution gegen die Erwachsenen in Towa City. Sie geben den Erwachsenen Schuld für die Tragödie und wollen diese ausschalten, um ein Utopia für Kinder zu bauen und ein Zeichen der Hoffnung für diese zu werden. Nachdem Komaru die Erwachsenen verteidigt und Monaca dadurch verärgert, wird sie als Dämon gekennzeichnet und Teil eines Spiels namens Dämonenjagd – ein super lustiges Spiel, bei dem alle Warriors of Hope darum kämpfen, den Dämon zuerst zu besiegen.
Angeführt von Kurokuma, dem stylischen, Monokuma-ähnlichen Ratgeber der Warriors of Hope, beginnt die Jagd. Kurz darauf bekommt Komaru Begleitung durch Toko, a.k.a. Genocide Jill, der anderen spielbaren Heldin. Außerdem trefft ihr auf Shirokuma und den Widerstand gegen die Warriors of Hope, die euch helfen wollen, die Jagd zu überleben.
Natürlich kommt diese heftige Geschichte nicht ohne die Art von Humor aus, die nur Danganronpa bieten kann; Komarus typisch mädchenhafte Reaktionen im Kontrast zu Toko’s exzentrischen Gedanken und Fantasien sorgen für fröhliches Geplänkel, obwohl sie um ihr Leben rennen.