Sony kündigte im November 2013 einen neuen Teil der Uncharted Reihe an. Ein Jahr darauf wurde bekannt, dass die bisherige Leitung der Serie, Amy Hennig, das Studio verlassen würde. Neil Druckmann und Bruce Straley, die beiden Köpfe hinter The Last of Us, übernahmen die Leitung des Spiels und veröffentlichten im letzten Jahr Uncharted 4: A Thief's End.
Kotaku Redakteur Jason Schreier hat in einem Kapitel seines Buches "Blood, Sweat and Pixel" die Entwicklung des Spiels näher beleuchtet. Laut Schreiern und seinen Kontakten, war das Problem bei der üblichen Version vor allem, dass es keine klaren Entscheidungen über die Richtung des Spiels gab.
Zahlreiche Prototypen wurden angefertigt, aber keiner sagte, welche Inhalte auch wirklich ins Spiel implementiert werden sollen. Bereits 2011 begann Hennig mit ihrem Team die Arbeiten am vierten Teil. Da man bis Ende 2013 aber alle Resscourcen für The Last of Us brauchte, kam das Projekt auch nicht so voran, wie geplant. Die beiden Naughty Dog Präsidenten waren damit nicht zufrieden und teilten Hennig 2014 ihre Entscheidung mit. Sie und ihr Team verließen das Studio und Druckmann und Straley wurden mit den Aufgaben betraut. Aber nur unter der Bedingung, vollständig kreative Freiheit zu haben. Durch diese Entscheidung wurden mehr als 80 Prozent der bisherigen Arbeitet zunichte gemacht. Darunter auch Motion Capture und Tonaufnahmen, die Millionen verschlangen.
In Grundzügen wäre die Geschichte den Spielern der heutigen Fassung bekannt vorgekommen. Sam wäre ebenfalls 15 Jahre im Gefängnis gewesen, er war allerdings zunächst nur der Partner von Drake. Da Nate ihn angeblich zum Sterben zurückgelassen hat, wurde Sam als einer der Antagonisten aufgebaut. Drake selbst wollte kein Schatzsucher mehr sein; Sam zieht ihn erneut in ein Abenteuer. Ein Twist sollte die Enthüllung Sams als Nates Bruder sein. Rafe, den Gegner aus Teil 4, hätte man ebenfalls hier als Antagonisten genommen.
Hennig und ihr Team wollten sich der Dissonanz zwischen Drake als strahlender Held in den Zwischensequenzen, und Massenmordender Rambo, annehmen. Daher hätte er bis zur Hälfte des Spiels keine Waffe bekommen, man hätte sich nur auf Melee Combat konzentriert. Der Einsatz von Fahrzeugen hätte sehr viel höher ausfallen sollen. Nadine hätte gar nicht vorkommen sollen, dafür hätte Elena Drake auf der Hälfte seines Abenteuers wieder begleitet. Ein Prototyp sah zudem auch ein Dance Dance Mini Game vor.
