In Metal Gear Solid 3 wird Snake nicht einfach nur so sterben, wenn ein Gegner ihn erwischt oder sonstwie die ewigen Jagdgründe nach ihm rufen.
Stirbt Snake, erscheint "Game Over" -wie bei jedem Spiel üblich. Aber nach 30 Sekunden soll laut Kojima der Schriftzug einem "Time Paradox" weichen.
Kojima erklärt, dass Metal Gear Solid 3 ja vor den ersten beiden Teilen spielt (1964) und Snake nicht sterben kann und auch nicht darf, da sonst die Zeitlinie ja veränder würde und Teil 1 und 2 garnicht mehr existieren könnten. Insofern erscheint dann "Time Paradox" um genau darauf hinzuweisen.
Anscheinend soll in der finalen Version es möglich sein, innerhalb dieser 30-Sekunden Zeitspanne etwas zu tun, um das Spiel dennoch fortführen zu können.
Eine weitere Neuigkeit sind die Piercing Bullets, die 2 Soldaten, die hintereinander in der Schusslinie stehen, töten können. Diese Geschosse durchdringen auch Holzwände und Dächer.