Insgesamt wurde Metroid Prime 4: Beyond in den Kritiken eher positiv aufgenommen mit einer Durchschnittswertung von 82% auf OpenCritic. Trotzdem sorgen einige Designentscheidungen seitens Nintendos für Kopfschütteln wie die leere Oberwelt, für deren Durchqueren das Vi-O-La-Motorrad essenziell ist.
Die Motorradfahrten können sich dabei ziehen, weshalb etwas Abwechslung bei der Musikuntermalung nett gewesen wäre. Allerdings braucht es dafür den Samus-Amiboo, welcher ca. 20€ bei den üblichen Händlern kostet. Mit dem Amiibo wird eine Jukebox freigeschaltet, mit der andere Musik aus dem Spiel abgespielt werden kann. Die Standardmusik bietet zwar eine ätherische Untermalung, welche dem Setting entspricht, auf Dauer aber doch eintönig ist und auch nur zurückhaltend eingesetzt wird. Alternativ wird die Jukebox freigeschaltet, wenn man 100% des Spiels komplettiert hat, also alles gescannt und alle Power-Ups eingesammelt hat.
Aufgrund des Zurückhaltens der Jukebox hinter einem Amiibo sind zahlreiche Fans von Nintendo enttäuscht. So wird die generelle Preisstruktur in Frage gestellt, da Metroid Prime 4: Beyond selber bereits 60€ als Switch- bzw. 70€ als Switch 2-Version kostet und für den Amiibo weitere 20€ verlangt werden.